الخلاف يعود في أحد أسبابه الرئيسية من وجهة نظر المغرب، إلى الدعم الدبلوماسي والمالي والعسكري الذي توفره الجزائر لجبهة تحرير الساقية الحمراء ووادي الذهب، المعروفة اختصارا بـ "البوليساريو"، والتي تطالب بالانفصال عن الرباط، وإعلان دولة صحراوية مستقلة في الصحراء.